Study Interaksi Pemurnian dan Moleculer Senyawa Aktif Ascorbic Acid dari Pyhsalis Peruviana dengan Protease 7K0E Menggunakan Pendekatan In Silico

Authors

  • Dwi Ramadhani Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Fadhila Husna Department of Biology, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia
  • Deni Marlina Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia

Keywords:

Pymol, PyRx, SARS-CoV-2, Ascorbic Acid.

Abstract

Riset ini bertujuan menganalisis interaksi pemurnian dan moleculer senyawa aktif Ascorbic Acid dari tanaman Physalis Peruviana dengan Protease 7K0E virus SARS-CoV-2. Riset ini menggunakan metode perhitungan secara komputasi dengan aplikasi PyMoL versi 1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konversi 3D pada ligand yang digunakan. Perangkat keras yang digunakan untuk riset ini prosesor AMD A4-9125 RADEON R3, 4 COMPUTE CORES 2C+2G (2 CPU), ~2.3GHz, RAM 4 GB. Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov/phytochem/search . Senyawa aktif didapatkan dari situs https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ . Hasil eksperimen ini didapatkan senyawa aktif dengan C(C(C1C(=C(C(=O)O1)O)O)O)O. Protease 7K0E berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) yaitu; -6,1; -5,3; -5,3; -5,0; -4,8; -4,6; -4,6; -4,5; -4,5 untuk masing-masing RMSD (Lower Bound) 0,0; 1,273; 1,871; 11,775; 2,222; 2,198; 15,593; 2,707; 1,514 dan RMSD (Upper Bound) 0,0; 2,248; 3,984; 13,058; 3,58; 3,805; 17,327; 4,599; 3,962.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): AGRI-SMART

Section

Articles