Interaksi Molekular Alpha Trocophenol dari Cocos Nucifera dengan Protease 7K0E Varian SARS-Cov-2

Authors

  • nailatul fadhilah Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Aulia Rahman Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Diponegoro, Semarang, Indonesia.
  • Nur’ani Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Diponegoro, Semarang, Indonesia

Keywords:

PyMol, Pyrx, Alpha Tocopherol, SARS-COV-2.

Abstract

Tujuan riset ini untuk meninjau interaksi molekular Alpha Tocopherol dari Cocos Nucifera dengan Protease 7K0E virus SARS-COV-2. Metode yang digunakan pada riset ini yaitu perhitungan secara komputasi menggunakan aplikasi EduPyMOL- Versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konversi 3D pada ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan untuk riset ini prosesor AMD Dual Core V5-471G 1.8GHz, RAM 4GB. Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa aktif didapatkan dari situs http://www.pubchem.com/. Hasil eksperimen ini didapatkan senyawa aktifdenganCC1=C(C2=C(CC[C@@](O2)(C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)C(=C1O)C)C. Protease 7K0E juga berhasil dirnurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD yaitu -5,9  dan -5,7. Sementara RMSD (Upper Bond) masing-masing 0,0 dan 0,868 dan RMSD (Lower Bond) masing-masing 0,0 dan 2,562.

 

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): AGRI-SMART

Section

Articles