Tinjauan Interaksi Molekular Senyawa Aktif Cis- Nerolidol dari Ageratum conyzoides dengan Protease 7L0D Varian Spike SARS-CoV-2 secara In Silico

Authors

  • Nova Angraini Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia.
  • Ayyasa Amara Department of Nursing, Faculty of Nursing, Universitas Andalas, Padang, Indonesia.
  • Cindy Falerie Department of Information Systems, Faculty of Information Technology, Universitas Andalas, Padang, Indonesia.

Abstract

Riset ini bertujuan untuk meninjau interaksi molekular senyawa aktif Cıs-Nerolidol dari tumbuhan bandotan (Ageratum conyzoides) dengan Protease 7L0D Varian SARS-Cov-2. Senyawa aktif didapatkan dari situs www.pubchem.com, screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov dan protein target didapatkan dari www.rscb.org. Metode yang digunakan adalah pemurnian protein target  menggunakan aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi dan docking molekular menggunakan aplikasi PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Perangkat yang digunakan adalah prosesor AMD E1-2100 APU with Radeon(TM) HD Graphics 1.00 GHz dan RAM 2.00 GB. Hasil docking didapatkan Binding Affinity (kkal/mol) sebesar -6,1; -6,0; -5,3; 5,3; -5,3; -5,2; -5,2; -5,1; -5,1 dengan RMSD (lower bound) sebesar 0,0; 2,852; 1,408;  2,092; 1,868; 1,716; 3,172; 1,594; 1,919 dan RMSD (upper bound) sebesar 0,0; 6,942; 2,815; 5,671; 3,701; 3,911; 6,811; 2,575; 4,188.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): AGRI-SMART

Section

Articles