Investigasi Investigasi In siliko α-Terpineol dari Kaempferia galanga dengan Protease SARS-CoV-2 Varian 7QI8

Abstract

Riset ini bertujuan untuk menginvestigasi in siliko α-Terpineol dari Kaempferia galanga dengan Protease SARS-CoV-2 varian 7QI8. Metode yang digunakan yaitu aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5 dan PyRX versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3 dimensi pada molekul dan ligan protein yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah Laptop ASUS 14- CM0094AU/CM0095AU, OS Windows 10 Core(TM) i3- 1005G1 CPU @ 1.20GHz (4  CPUs), ~1.2GHz, RAM 4GB sebagai sistem operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa aktifnya didapatkan dari http://www.pubchem.com/. Hasil dari eksperimen ini adalah SMILES CC1=CCC(CC1)C(C)(C)O. Protease 7QI8 berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan binding  affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (lower bond) ) 0,0; 1,356; 1,531; 14,653; 2,376; 14,393; 2,13; 15,092; 8,804 dan RMSD (upper bond)  0.0; 2,076; 4,469; 17,328; 4,507; 16,74; 2,782; 17,485; 10,38 yaitu -5,5; -5,3; -5,1; -4,9; -4,6; -4,5; -4,4; -4,3 dan -4,3.