Investigasi dan Interaksi In Silico Senyawa Aktif 1,8-Cineole dari Tanaman Kunyit (Curcuma Longa) dengan Protease 7F7E Varian Spike SARS-COV-2

Authors

  • ROZIA ELINA Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Rangga Adriansyah Department of Civil Engineering, Faculty of Civil Engineering and Mechanics, Lanzhou University, China
  • Diah Liri Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Jambi, Jambi, Indonesia

Keywords:

Sars-Cov-2, Protease 7f7e, Molecular docking, 1,8-Cineole

Abstract

Riset ini bertujuan menganalisis pemurnian dan kajian molecular docking senyawa aktif 1,8-Cineole yang ada pada tanaman kunyit dengan protease varian 7f7e Sars-CoV-2. Metode yang digunakan yaitu perhitungan secara komputasi melalui aplikasi EduPyMOL-Versi1.7.4.5 dan PyRx versi PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. kajian dilakukan dengan mengamati struktur 3 dimensi pada ligan dan molekul. Perangkat Asus X555Q spesifikasi prosesor AMD A10-9620P RADEON R5, RAM  8GB, layar HD LED 15.6 inchi, dan Windows 10. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov. Senyawa aktif didapatkan dari www.pubchem.com. Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1(C2CCC(O1)(C(C2)O)C)C. Protease 7f7e juga berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity untuk masing-masing RMSD (lower bound) 0,0; 1,502; 5,812; 5,254; 5,293; 5,207; 5,255; 6,019; 5,163, RMSD (upper bound) 0,0; 3,492; 7,034; 6,677; 7,385; 6,956; 6,85; 7,224; 6,917, dan masing-masing Affinity -4,9; -4,7; -4,3; -4,3; -4.2; -4,1; -4,1; -4,0; -3.9.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): ASTRO-SMART

Section

Articles