Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif Anethole dari daun Alpukat (Persea americana) dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron 7K0E

Authors

  • Rihadatul Aisyi Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Annisha Fajria Department of Biology, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia
  • Izzati Fulqi Departement of Mathematics, Faculty of Mathematics and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia.

Keywords:

PyMOL, PyRx, anethole, Protease 7K0E, Persea americana

Abstract

Riset ini bertujuan menginvestigasi pemurnian dan kajian molecular docking senyawa aktif anethole dari daun Alpukat (Persea americana) dengan protease 7K0E SARS-Cov-2. Metode yang digunakan aplikasi  Edu PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligan yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah laptop hp model 14s-dk0xxx ProdID 6NY35PA#AR6. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.nal.usda.gov. Senyawa aktif didapatkan dari pubchem www.pubchem.com. Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC=CC1=CC=C(C=C1)OC. Protease 7K0E juga berhasil dimurnikan dengan pymol. Hasil docking didapatkan hasil RSMD (lower bond) 3,537; 3,569; 12,197; 1,32; 3,012; 2,945; 2,374; 2,367; 0,0 dan Binding Affinity -3,9; -3,9; -3,9; -4,1; -4,3; -4,4; -4,8; -4,8; -5,0.

Downloads

Published

2022-06-11

Issue

Vol. 1 No. 1 (2022): BIO SMART

Section

Articles