Observasi Molecular Senyawa Aktif Cinnamic Acid dari Blumea Balsamifera dengan Protease SARS-CoV-2 7K0E Menggunakan Pendekatan In siliko

Authors

  • Erpina Erpina Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Indonesia
  • Zahra Aziva Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Indonesian Education University, Bandung, Indonesia.
  • Fernanda Saputra Department of Biology, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Andalas University, Padang, Indonesia.

Keywords:

Cinnamic Acid, Blumea Balsamifera, Protease 7K0E, PyMOL, PyRx

Abstract

Observasi ini bertujuan untuk menganalisis molecular senyawa aktif Cinnamic Acid dari tanaman Blumea Balsamifera dengan Protease virus SARS-CoV-2 varian omicron 7K0E. Metode yang digunakan yaitu perhitungan secara komputasi melalui software PyMOL versi 1,7.4.5 Win32.msi dan PyRx Version 0.8 (pyton.exe) 32 Bit. Perangkat keras yang digunakan untuk riset ini yaitu Nec Versapro VK17HB-D Core i7 -2637 RAM 4GB Windows 7. Riset ini dilakukan dengan mengeksplorasi konformasi 3D pada molekul dan ligan yang digunakan. Screening molekul diambil dari situs Dr.Duke (https://www.pytochem.nal.usda.gov/) dan situs Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov). Hasil riset ini didapatkan SMILES senyawa aktif Cinnamic Acid C1=CC=C(C=C1)C=CC(=O)O. Protease 7K0E berhasil disterilkan dengan PyMOL dan hasil docking mendapatkan nilai  Binding Affinity (kkal/mol)  -5,9, -5,7, -5,6, -5,5, -5,2, -5,1, -5, - 5, untuk masing- masing RMSD (Lower Bound)  0,0; 3,751;  1,411;  2,532;  1,256;  4,406;  3,103;  4,431; 19,7 dan RMSD (upper bound) 0,0; 5,036; 2,373; 2,782; 1,641; 5442; 5,107; 5,995; 21,242.

Downloads

Published

2022-06-11

Issue

Vol. 1 No. 1 (2022): BIO SMART

Section

Articles