RMSD dan Binding Affnity Docking Molecular Senyawa Aktif Genistein dari Tumbuhan Bunga Telang (Clitoria ternatea) dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 7k0e Menggunakan Aplikasi PyMOL dan PyRx

Abstract

Riset ini dilakukan untuk menganalisis senyawa aktif Genistein dari tumbuhan Bunga Telang (Clitoria ternatea) dengan protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 7k0e. Metode yang digunakan yaitu aplikasi EduPyMOL-Versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Sampel dalam penelitian menggunakan senyawa aktif Genistein yang didapatkan pada website https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ dan Screening molekul aktif menggunakan website http://www.phytochem.nal.usda.gov/. Protease yang digunakan yaitu protease SARS – Cov – 2 Omicron Varian 7k0e, yang didapatkan pada website RSCB PDB https://www.rcsb.org/. Adapun perangkat keras yang digunakan yaitu laptop dengan spesifikasi Acer system model Aspire 5 No. N20C4 processor Intel Core i3 dengan memori 1000 GB RAM 8 GB dan Windows 10 Home. Hasil dari penelitian ini adalah senyawa aktif dengan SMILES C1=CC(=CC=C1C2=COC3=CC(=CC(=C3C2=O)O)O)O. Protease 7k0e berhasil dimurnikan dengan Pymol. Hasil docking moleculer berhasil didapatkan dengan nilai akhir Binding Affnity (kcal/mol) negatif sebesar -7.0. RMSD (Upper Bown) 2.723. RMSD (Lower Bond) 7.428.