Study Komputasi Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif 5 Dehydro Avena Sterol dari Tumbuhan Nigella Sativa dengan Protease 6iO6

Authors

  • Rahmatul Hayani jurusan kimia, fakultas matematika dan ilmu oengetahuan alam universitas negeri padang
  • Dino Ondri Technic Analyzing Industrial, International Education Collage, Nanjing Polytechnic Institute, Nanjing, China.
  • Aidil Ivan Khadafi Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Nusa Bangsa, Bogor, Indonesia

Abstract

Riset ini bertujuan mengevaluasi senyawa aktif 5 Dehydro Avena menggunakan pendekatan Molecular Docking untuk menghambat domain makro SARS-Cov-2 (PDB: 6iO6) yang diambil dari literatur tanaman Nigella Sativa ( Jintan Hitam). Evaluasi dilakukan berdasarkan skor docking menggunakan AutoDock Vina. Metode yang digunakan yaitu eduPyMol-versi 1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx-versi 0.8(python.exe) 32 bit. Perangkat yang digunakan adalah laptop lenovo dengan spesifikasi Prosesor AMD Ryzen 3-5300U,VGA AMD RADEON,RAM 4 GB,Windows 10 Home Single Language 64-bit. Screening molekul aktif dilakukan menggunakan http://www.phytochem.nal.usda.gov/ dan senyawa aktifnya dari situs http://www.pubchem.com/. Hasil ekperimen ini didapatkan senyawa aktif dengan C(CC(C(=O)O)N)CN=C(N)N. Protease 6iO6 berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity(kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (Lower Bond) 0,0; 4,6; 5,229; 11,749; 12,522; 14,312; 14,442; 4,337; 12,049 yaitu -4,0; -3,8; -3,7; -3,7; -3,7; -3,6; -3,6; -3,5; -3,5. Binding Affinity untuk masing-masing RMSD(Upper Bond) adalah  4,6; 5,229; 11,749; 12,522; 14,312; 114,442; 4,337; 12,049.

Downloads

Published

2022-06-16

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): FARM-SMART

Section

Articles