Investigasi Molecular Docking Senyawa Aktif Eugenol dari tanaman Piper Betle .L dengan Protease 2r2g menggunakan PYMOL dan PYRX

Authors

  • Fadhila Fitria Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Nosa Apri Amelia Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Andalas, Padang, Indonesia.

Keywords:

PyMol, Piper Betle L, PyRx, Protease 2r2g.

Abstract

Riset ini bertujuan untuk memurnikan dan kajian molekuler docking senyawa aktif Eugenol dari tanaman Piper Betle .L dengan protease 2R2G. Metode yang digunakan aplikasi Edu PyMOL – Versi 1.7.4.5-Win32 msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah prosesor Model 14s-dk1507AU, ~50-06 Hz, RAM 8 GB, Screening molekul aktif menggunakan situs dr. Duke (www.DrDuke.com). senyawa aktif didapatkan dari Pubchem (www.pubchem.com). Perangkat lunak yang digunakan adalah PyRx (Vina dan AutoDock) dan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding afinity untuk masing-masing RMSD (Lower Bond) 0,0; 5,97; 1,813; 16,462; 13,603; 16,28;  14,107; 15,707; 13,691 dan RMSD (Upper Bond) 0,0; 8,095; 2,875; 17,769; 15,471; 17,399; 15,813; 17,189; 15,594 yaitu -5.6, -5,3, -5,3, -5,1, -5.0, -4,8, -4,7, -4,7, 4,7.

Downloads

Published

2022-06-12

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): FARM-SMART

Section

Articles