PyMOL dan PyRx: Purifikasi dan Docking Molecular 2-Methyl-2-Phytyl-6-Crhomanol dari Aloe Vera dengan Protease SARS-CoV-2 varian 7djr

Abstract

Eksperimen ini bertujuan untuk menganalisis interaksi senyawa aktif 2-Methyl-2-Phytyl-6-Crhomanol dari tanaman Aloe Vera dengan protease Sars-CoV-2 varian 7djr. Metode yang digunakan yaitu aplikasi PyMOL versi 2.5.2 dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian ini dilakukan dengan mengobservasi struktur 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat yang digunakan yaitu prosesor Intel Celeron N4000, up to 2,6 GHz, Ram 4 GB, Windows 11 Home Single Language 64-bit sebagai system operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs Dr.Duke (www.phytochem.com) dan senyawa aktifnya didapatkan dari pubchem (www.pubchem.com). Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1=CC(=CC(=C10)CC=C(C)CCCC(C)CCCC(C)CCCC(C)C)O. Protese 7djr juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinitya yaitu -5,8ev; -5,6ev; -5,5ev; -5,4ev; -5,3ev; -5,2ev dengan RMSD  0; 1,411; 1,584; 17,506; 18,316; 18,792 untuk Lower Bound dan RMSD 0; 2,987; 3,906; 20,384; 20,797; 21,369; untuk Upper Bound.