Investigasi Senyawa Aktif 2,5-Bornadienol dari Tanaman Jahe (Zingiber Officinale) dengan Protease Sarscov-2 Varian 7B62

Abstract

Studi ini bertujuan untuk menganalisis interaksi senyawa aktif 2,5-Bornadienol dari tanaman Jahe (Zingiber Officinale) dengan protease Sars-Cov-2 varian 7B62. Metode permodelan dan komputasi menggunakan PyMOL versi 2.5.2 dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Screening molekul aktif menggunakan situs http://www.phytochem.nal.usda.gov/ dan senyawa aktif nya didapatkan dari pubchem (www.pubchem.com). Kajian ini dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat keras Acer Aspire 5 spesifikasi prosesor Intel Core I3 7th Gen, Ram 4 GB, Windows 10 Home sebagai sistem operasi.. Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1(C2CCC1(C(C2)O)C)C. Protease 7B62 juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD yaitu -7,1 dan -6,9. Sementara RMSD (Upper Bond) masing-masing 0 dan 7,91 dan RMSD (Lower Bond) masing-masing 0 dan 4,649