Pemodelan Molekuler Struktur 3D In Silico Protein Spike Virus SARS-CoV-2 Varian 7VND Menggunakan Aplikasi PyMOL

Authors

  • Aprilia Wilda Nengsih Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang
  • Rhewina Rushe Gizi, Fakultas Gizi, Politeknik Kesehatan Kementerian Kesehatan Padang, Padang, Indonesia
  • Bayyid Gholbi Kalyakuti Manajemen Bisnis, Fakultas Ekonomi, Universitas Wijaya Putra, Surabaya, Indonesia

Keywords:

SARS-CoV-2; Spike Protein; varian 7VND; PyMOL

Abstract

Riset ini bertujuan untuk pemurnian dan isolasi selektif dari protein spike virus SARS-CoV-2 varian 7VND menggunakan aplikasi PyMOL. PyMOL adalah sebuah alat rumit yang dirancang untuk para profesional ilmiah yang ingin mengetahui stuktur molekul berbagai zat. Metode yang digunakan dalam penelitian ini yaitu pemodelan molekuler. Pemodelan molekuler  menggunakan aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi dengan menggunakan perangkat Acer Aspire Switch 10 SW5-012-1432 Hibrida/10.1"/2 GB DDR3L-SD/RAM 64 GB SSD/Windows 10 Pro 32-bit. Dalam melakukan penelitian ini terdapat beberapa tahapan. Pertama, dilakukan pemilihan spike protein ang akan  digunakan pada situs https://www.rcsb.org/ . Tahap selanjutnya, dilakukan pemurnian dan isolasi selektif dengan menggunakan aplikasi PyMOL. Studi komputasi adalah kajian yang digunakan untuk menggambarkan visualisasi menggunakan komputer. Hasil yang didapatkan yaitu visualisasi varian protein yang belum dimurnikan, protein yang telah diremove waters dan ligand sites, dan protein yang telah diisolasi spike varian 7VND virus SARS-CoV-2.

Downloads

Published

2022-06-13

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): IKLIM KELAS

Section

Articles