Analisis Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif Gamma-mangostine dari Tumbuhan Garcinia mangostana dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 3PY4

Abstract

Riset ini bertujuan untuk memurnikan dan kajian molecular docking senyawa aktif Gamma-mangostin dari tanaman Garcinia mangostana dengan protease 3PY4. Metode yang digunakan aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi. dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah prosesor AMD Dual Core E2-7015 1.5GHz, RAM 4 GB. Protease 3PY4 diambil dari situs protein databank (PDB) (https://www.rcsb.org/). Screening molekul aktif menggunakan situs Dr.Duke (www.phytochem.com.) Senyawa aktif didapatkan dari Pubchem (www.pubchem.com). Hasil dari eksperimen adalah senyawa aktif dengan SMILES CC=CCC1=CC2=CC=C1OOC3=CC2=OC=CC=C3OOCC=CCCOC Protease 3PY4 juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Afinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD Lower Bond 0,0; 1,249; 3,023; 2,146; 2,676; 3,162; 3,014; 2,354; 3,127. Dan untuk RMSD Upper Bond 0,0; 1,572; 7,321; 7,932; 7,858; 5,252; 8,222; 7,636; 9,089.