Studi Interaksi Molekuler Betulinic Acid dari Ziziphus Mauritiana Dengan Protease 7K0E varian SARS-Cov-2

Authors

  • Sinta Eka Putri Universitas Negeri Padang
  • Raffael Akbar Rizana Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Andalas, Indonesia
  • Dion Mardinata Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Nusa Bangsa, Indonesia

Abstract

Riset ini bertujuan untuk menganalisis interaksi molekuler Betulinic Acid dari Ziziphus Mauritina dengan Protease 7K0E virus SARS-COV-2. Metode yang digunakan pada riset ini yaitu perhitungan secara komputasi menggunakan aplikasi EduPyMOL- Versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Riset dilakukan dengan mengobservasi struktur 3D pada ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan untuk riset ini prosesor AMD Dual Core E1-1200 1.4GHz, RAM 2GB. Screening molekul aktif dilakukan menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa aktif didapatkan dari situs http://www.pubchem.com/. Hasil eksperimen ini didapatkan senyawa aktif dengan SMILE CC(=C)C1CCC2(C1C3CCC4C5(CCC(C(C5CCC4(C3(CC2)C)C)(C)C)O)C)C(=O)O. Protease 7K0E berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity (kkal/mol)  untuk masing masing RMSD (Lower Bond) 0,0; 1,859; 2,063; 2,334; 3,514; 1,959; 2,07; 4,264; 3,782  dan RMSD (Upper Bond) 0,0; 7,938; 7,798; 8,026; 5,197; 4,23; 8,408; 5,197; 4,23; 8,408; 9,088; 8,995 yaitu -0,75; -7,5; -7,6; -7,6; -7,6; -7,6; -7,7; -8,2; -8,3.

Downloads

Published

2022-06-16

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): MEDICAL-SMART

Section

Articles