Pengujian Molecular Docking Senyawa Aktif 2- undercanone dari Paperomia Pellucida dengan Protease 7K0E menggunakan PyMol dan PyRx

Abstract

Riset ini bertujuan untuk menganalisis pemurnian dan studi docking molekuler bahan aktif 2 Undercanone dari Daun Sirih Merah (Paperomia Pellucida) menggunakan Protoase 7K0E. Metode yang digunakan adalah aplikasi Pymol versi 1.7.4.5 Win32.msi dan PyRx versi 0.8 (pyton.exe) 32-bit. Penelitian ini dilakukan dengan mengamati molekul 3D dan ligan yang digunakan. Perangkat yang digunakan   adalah prossesor intel Core TM i7-2670QM 2.2GHz, RAM 8 GB. Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov. Senyawa aktif didapatkan dari situs pubchem www.pubchem.com Hasil docking didapatkan nilai binding affinity untuk masing-masing RMSD (Lower Bond) 0 ; 2,922 ; 4,322; 3,841; 12,231; 12,502; 12,344; 12,3; 3.133 dan RMSD (Upper Bond) 0 ; 5,046; 6,912; 5,097; 14,22; 14,046; 13,9; 13,701; 3,792 yaitu -4,9 ;-4,7; -4,4; -4,3; -4,3; -4,3; -4,2; -4,2; -4,2.