Pendekatan In silico Pemurnian dan Docking Molecular Beta Carotene dari Tanaman Daun Pepaya Jepang (Cnidoscolus aconitifolius) dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron varian 7LKE
Keywords:
Beta Carotene, Protease 7LKE, PyMOL, PyRx,Abstract
Studi ini bertujuan untuk menganalisis interaksi senyawa aktif Beta Carotene dari tanaman Daun Pepaya Jepang (Cnidoscolus aconitifolius) dengan protease Sars-CoV-2 varian 7LKE. Metode permodelan dan komputasi menggunakan PyMOL versi 2.5.2 dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Screening molekul aktif menggunakan situs http://www.phytochem.nal.usda.gov/ dan senyawa aktif nya didapatkan dari pubchem (www.pubchem.com). Kajian ini dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat keras Acer Aspire 5 spesifikasi prosesor Intel Core I3 7th Gen, Ram 4 GB, Windows 10 Home sebagai sistem operasi.. Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1=C(C(CCC1)(C)C)C=CC(=CC=CC(=CC=CC=C(C)C=CC=C(C)C=CC2=C(CCCC2(C)C)C)C)C. Protease 7LKE juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD yaitu -0,7 dan 1,5. Sementara RMSD (Upper Bond) masing-masing 0,0 dan 1,18 dan RMSD (Lower Bond) masing-masing 0,0 dan 2,027.
