Uji Docking Senyawa Aktif 1,8-Cineole dengan Protease 1t2b Secara In Silico

Abstract

Tujuan riset ini untuk menginvestigasi insilico senyawa aktif 1,8-cineole dari tanaman daun kemangi dengan protease Sars-Cov-2 varian 1t2b. Uji ini menggunakan metode yaitu aplikasi PyMol versi 1.7.4.5-win32.msi dan PyRx versi 0.8 (phyton.exe) 32 bit. Dilakukan kajian dengan mengobservasi konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat keras yang digunakan yaitu laptop Lenovo dengan spesifikasi Intel(R) Core(TM) i3-6006U CPU @ 2.00GHz   2.00 GHz, RAM 4 GB, windows 10 64-bit sebagai system operasi. Screening molekul aktif menggunakan situs Dr.Duke’s Phytochemical and Ethnobptanical Databases at NAL (https://phytochem.nal.usda.gov/). Senyawa aktif yang didapatkan adalah 1,8-cineole dengan SMILES CC1(C2CCC(O1)(CC2)C)C. Pemurnian protease 1t2b berhasil dimurnikan engan aplikasi PyMol. Hasil docking didapatkan binding affinity sebesar -5.2;-5.1;-5.0;-5.0;-4.9;-4.9;-4.7;-4.7;-4.7 dan masing-masing RMSD lower bound sebesar 0.0;12.276;12.579;12.705;1.771;1.712;13.044;0.96;12.932 dan RMSD upper bound sebesar 0.0;13.901;14.119;14.473;3.978;3.675;14.742;3.329;14.133.