Studi In Silico Avicularin dari Tanaman Psidium guajava dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 7ACT

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi senyawa aktif Avicularin dari tanaman Psidium guajava dengan protease Sars-CoV-2 varian 7ACT. Metode yang digunakan yaitu EduPyMOL-Versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Riset ini dilakukan dengan mengeksplorasi struktur 3D molekul dan interaksi ligan-protein yang digunakan. Perangkat keras laptop HP dengan spesifikasi AMD Ryzen 5 4500U with Radeon Graphics 2.38 GHz, Ram 8 GB, Windows 11 Home Single Language 64-bit sebagai sistem operasi. Protease 7ACT diperoleh dari https://www.rcsb.org/ dan Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov/ serta  senyawa aktif nya didapatkan dari situs (www.pubchem.com). Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILE C1=CC(=C(C=C1C2=C(C(=O)C3=C(C=C(C=C3O2)O)O)OC4C(C(C (O4)CO)O)O)O)O. Protease 7ACT berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil molecular dockingdidapatkan nilai binding affinity (kkal/mol) yaitu -5,5; -5,4; -5,4; -5,2; -5,0; -4,8; -4,8; -4,8; -4,8; -4,7 dengan RMSD (upper bond) 0; 8,288; 6,654; 9,598; 5,312; 6,154; 8,277; 6,521; 7,023 dan RMSD (lower bond) 0; 3,389; 3,49; 5,198; 1,775; 3,073; 3,605; 3,146; 2,003.