Uji in silico Senyawa β-Carotene dari Tanaman Buah Mahkota Dewa (phaleria macrocarpa) dengan Protease SARS- coV 2 Omicron Varian 7K0E

Authors

  • Ilmy Chindikia Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam
  • Endah Kurnia Department of Biologi, Faculty of Biologi, University Osaka, Osaka, Japan
  • Hadisty Haviza Zulvan Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia

Abstract

Eklsplorasi uji pemurnian dan molekuler docking ini penting dilakukan bertujuan untuk menganalisis senyawa β-carotene pada tumbuhan mahkota dewa (phaleria macrocarpa) dengan metode perhitungan secara komputasi dengan softwere PyMOL versi 1.7.4.5 Win32 msi dan PyRx versi 0.8 (python exe). .Protein target SARS-CoV-2 Omicron Varian 7K0E dimurnikan menggunakan aplikasi PyMO, kemudian semua ligan dilakukan docking molekular menggunakan aplikasi PyRx dengan program Vina dan autodock. Program PyMOL digunakan untuk memvisualisasikan konformasi 3D molekul dan interaksi ligan-protein.. Protease sars cov 2 varian 7K0E di ambil dari situs protein databank (https://www.rcsb.org/) dan senyawa aktif β-carotene diambil dari dr duke’s(https://phytochem.nal.usda.gov), serta pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/).

Hasil dari senyawa aktif β-carotene didapatkan

SMILESCC1=C(C(CCC1)(C)C)/C=C/C(=C/C=C/C(=C/C=C/C=C(/C=C/C=C(/C=C/C2=C(CCCC2(C)C)C)\C)\C)/C)/C. Protease 7K0E juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Dari hasil yang didapat yaitu nilai binding affinity sebesar  -5,8; -5,5; -5,4 dengan RMSD Lower Bond 7.0, 10.745, -5,.061 dan RMSD upper bound 12.0, 20.62, -15.43 dengan Perangkat keras yang digunakan yaitu laptop dengan spesifikasi Asus E203MAH dengan spesifikasi antara lain Intel N4000, RAM 4 GB, HDD 500 GB. Layar HD LED 11.6 inchi, dan Windows 10

Downloads

Published

2022-06-13

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): TECH-SMART

Section

Articles