Tinjauan Interaksi Molekular Casbene dari Ricinus Communis dengan Protease Sars-CoV-2 Omicron Varian 7KOE

Authors

  • Jihan Fadhilah Zahran Departemen Kimia Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang
  • Laora Cahyani Bawemewi Department of Biology, Faculty of Technobiology Universitas Atma Jaya Yogyakarta, Indonesia
  • Nicky Leonardus Simbolon Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Sciences, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia.

Keywords:

PyMOL,PyRx, Casbene, Ricinus Communis,Sars-CoV-2

Abstract

Riset ini bertujuan untuk mengkaji interaksi molekular Casbene dari Ricinus Communis dengan Protease Sars-CoV-2 Omicron Varian 7KOE. Metode yang dipakai adalah perhitungan secara komputasi dengan software PyMOL versi 1.7.4-5 Win32.msi dan PyRx Version 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi 3D pada molekul dan ligand yang digunakan.  Perangkat yang digunakan adalah Celeron (R) CPU N2840 2.16GHz, RAM 2 GB,Windows 7. System type 32-bit. Screening molekul diambil dari situs dr.ducke (https://phytochem.nal.usda.gov/), dan (www.pdb.org) dan situs Pubchem (www.pubchem.com). Perangkat lunak yang digunakan adalah PyRx (Vina dan AutoDock) dan PyMOL. Dalam eksperimen ini diperoleh molekul aktif dengan SMILES CC1=CCCC(=CC2C(C2(C)C)CCC(=CCC1)C)C. Hasil yang didapatkan nilai Binding Afinity (kka/mol) yaitu 3,31; 4,676; 5,022; 5,269; 5,484; 5,829; 6,102; 16,971 dengan RMSD upper bound  0 dan 1,405; 1,449; 1,943; 1,95; 2,039; 2,072; 2,125; 15,627 dengan RMSD lower bound  0.

 

Keyword: PyMOL, PyRx, Casbene, Ricinus Communis,Sars-CoV-2

Downloads

Published

2022-06-13

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): TECH-SMART

Section

Articles