Analisis Purifikasi [Z]-Nerolidol dari Ageratum Conyzoides dengan Protease Sars-Cov-2 Varian 7K0E menggunakan PyMOL dan PyREX

Authors

Yupita Tri Rezeki Universitas Negeri Padang
Diana Vanda Wellia Jurusan Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Andalas, Padang, Indonesia
Abdul Latif Jurusan Ilmu Penyakit Dalam, Fakultas Kedokteran, Universitas Indonesia, Jakarta, Indonesia

Sars-CoV-2; PyRx; Protease 7K0E; Ageratum Conyzoides; [Z]-Nerolidol

Eksperimen ini bertujuan untuk menganalisis pemurnian senyawa aktif [Z]-Neroridol dari tanaman Ageratum Conyzoides dengan protease 7K0E varian Sars-Cov-2 dengan menggunakan aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi 0.8 9 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi struktur 3D pada molekul dan ligan yang digunakan. Perangkat yang digunakan adalah prosesor Intel(R) Celeron (R) CPU N2840 2.16GHz, RAM 4GB. Screening molekul aktif menggunakan situs www.phytochem.com. Senyawa aktif didapatkan dari situs https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov. Protease 7K0E berhasil dimurnikan dengan aplikasi PyMOL. Hasil dari eksperimen ini dengan SMILES yaitu CC(=CCCC(=CCCC(C)(C=C)O)C)C. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity (kkal/mol) yaitu -5,8ev; -5,6ev; -5,5ev; -5,5ev; -5,4ev; -5,3ev; -5,3ev; -5,2ev; -5,2 ev dengan RMSD (Lower Bond) 0; 1,411; 1,584; 1,174; 17,506; 1,92; 18,316; 18,792; 1,976 dan RMSD (Upper Bonding) 0,0; 2.987; 3.906; 3.853; 20.384; 5,199; 20,797; 21,369; 6,008