Molecular Docking dan Purifikasi Senyawa Aktif Thiamin dengan Protease 7k0e menggunakan PYMOL dan PYREX

Abstract

Eksperimen ini bertujuan untuk menganalisis interaksi molecular Thiamin dari Averrhoa Blimbi  dengan protease 7K0E virus SARS-COV-2. Metode yang digunakan pada eksperimen ini yaitu perhitungan secara komputasi menggunakan aplikasi EduPyMOL- Versi1. 7.4.5-Win32 msi dan PyRx versi PyRx version 0,8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konversi 3D pada ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan untuk eksperimen ini prosesor Intel (R) Celeron (R) N4000 CPU@ 1. 10GHz (2 CPUs), 1. 1GHz. Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nasl.usda.gov/ . Senyawa aktif didapatkan dari situs http://www.pubchem.com/ . Hasil eksperimen ini didapatkan senyawa aktif dengan CC1=C(SC=[N+]1CC2=CN=C(N=C2N)C)CCOP(=O)(O)OP(=O)(O)[O-]. Protoase 7K0E berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai binding affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (Lower Bond) 0; 5,825; 7,641; 11,841; 34,115; 18,798; 6,532; 18,412; 5,906; dan RMSD (Upper Bond) 0; 7,99; 9,03; 13,587; 36,581; 20,717; 9,52; 20,364; 8,481;yaitu -6,2; -6; -5,9, -5,8; -5,7; -5,7;-5,5; -5,5; -5,4.