Pemurnian dan Moleculer Senyawa Aktif Ascorbic Acid dengan Protoase 7L0D

Authors

  • Nur Rahimmah Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang, Padang, Indonesia
  • Hilza Rana Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Science, University Islam Indonesia, Yogyakarta, Indonesia
  • Nurul Savitri Department of Chemistry, Faculty of Mathematic and Natural Science, University Riau, Riau, Indonesia

Keywords:

PyMol; PyRx; Ascorbic Acid; SARS-COV-2

Abstract

Riset ini bertujuan untuk meninjau interaksi pemurnian moleculer senyawa aktif Ascorbic Acid dari tanaman Momordica charantia L dengan Protoase 7L0D virus SARS-COV-2. Riset ini menggunakan metode perhitungan secara komputasi menggunakan aplikasi PyMOL versi1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 Bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konversi 3D pada ligand yang digunakan. Perangkat yang digunakan untuk riset ini prosesor AMD A4-9125 RADEON R3, 4 COMPUTE CORES i3 ~2.3GHz, RAM 2 GB. Screening molekul aktif menggunakan situs https://phytochem.nal.usda.gov/. Senyawa aktif didapatkan dari situs http://www.pubchem.com/. Hasil eksperimen ini didapatkan senyawa aktif dengan C([C@@H]([C@@H]1C(=C(C(=O)O1)O)O)O)O. Protoase 7L0D berhasil dimurnikan dengan PyMol. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) yaitu -5,5; -5,3; -4,9; -4,9; -4,7; -4,7; -4,6; -4,6; -4,6, untuk masing-masing RMSD (Lower Bound) 0,0; 1,421; 1,459; 2,533; 2,442; 1,702; 9,255; 7,835; 1,709 dan RMSD (Upper Bound) 0,0; 3,882; 4,111; 4,272; 3,436; 3,367; 11,074; 10,134; 4,379.

Downloads

Published

2022-06-14

Issue

Vol. 1 No. 01 (2022): Phenomenon Learning

Section

Articles