Pemurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif 4-Dimethylallyl-L-Abrine dengan Protease SARS-CoV-2 Omicron Varian 7k0e Menggunakan PyMOL dan PyRx

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis interaksi senyawa 4-Dimethylallyl-L-Abrine dari tanaman Nephelium lappaceum dengan protease Sars-Cov-2 varian 7K0E. Metode penelitian yang digunakan adalah molecular docking dengan software PyMOL versi 2.5.2 untuk memurnikan protein target dan software PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 bit untuk memperoleh binding affinity beserta RMSD. Penelitian ini dilaksanakan dengan mengidentifikasi bentuk konformasi 3D molekul dan ligan protein yang digunakan. Perangkat keras yang digunakan yaitu laptop dengan spesifikasi Acer, system model Aspire E1-421, processor AMD E1-1200 APU with Radeon (tm) HD Graphichs (2CPUs),~1.4 GHz, memory 2048 MB RAM, Windows 7 Ultimate 64-bit (6,1 build 7601). Screening molekul aktif dapat dilakukan melalui situs http://www.phytochem.nal.usda.gov/ dan senyawa aktif diperoleh melalui situs https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/. Hasil penelitian diperoleh senyawa aktif dengan Canonical SMILES CC(=CCC1=C2C(=CC=C1)NC=C2 CC(C(=0)0)NC)C. Protease 7KOE berhasil dimurnikan melalui aplikasi PyMol. Hasil uji docking diperoleh nilai binding affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD (lower Bond) 0,0; 3,352; 14,856; 14,639; 14,184; 14,662; 14,44; 14,415; 13,969 dan RMSD (upper bond) 0,0; 5,822; 16,239; 17,532; 15,945; 16,316; 15,754; 16,279; 16,012 yaitu -7,2; -6,3; -6,1; -6,1; -5,9; -5,8; -5,8; -5,7; -5,7.