Riset Investigasi dan Molecular Docking Senyawa Aktif Alpha-Tocopherol Moringa Oleifera dengan Protease Virus Sars-Cov 2 Omicron Varian 1OIZ menggunakan PYMOL dan PYREX

Abstract

Riset investigasi ini bertujuan untuk memurnikan dan mengkaji bagaimana bentuk 3D dari tanaman  yang akan diteliti yang dibuktikan dengan nilai molecular docking senyawa aktif Alpha-Tocopherol dari tanaman Moringa Oleifera dengan protease 1OIZ Sars Cov-2 serta bentuk 3D dari protease yang diteliti. Metode yang digunakan untuk riset investigasi ini adalah aplikasi PyMOL versi 1.7.4.5-Win32.msi. dan PyRx versi 0.8 (python.exe) 32 bit. Kajian dilakukan dengan mengobservasi konformasi molekul dan ligand yang digunakan. Perangkat keras yang digunakan adalah Hp prosesor (R) intel Core(TM) i5-1005G1 CPU @ 1.20GHz (4 CPUs), ~2,5GHz, RAM 8 GB. Screening molekul aktif melalui situs (https://phytochem.nal.usda.gov). Senyawa aktif didapatkan dari pubchem (www.pubchem.com).  

Hasil dari eksperimen ini adalah senyawa aktif dengan SMILES CC1=C(C2=C(CC[C@@](O2)(C)CCC[C@H](C)CCC[C@H](C)CCCC(C)C)C(=C1O)C)C. Protease 1OIZ juga berhasil dimurnikan dengan PyMOL. Hasil docking didapatkan nilai Binding Affinity (kkal/mol) untuk masing-masing RMSD yaitu -3,3; -3,2 ;-3,2; -3,1; -3,1; -3,1;-3,0;-3,0;-2,9 Sementara RMSD (Upper Bond) masing-masing 0,0; 2,275; 19,104; 15,829; 21,396; 1,89; 22,091; 12,154; 15,896 dan RMSD (Lower Bond) masing-masing 0,0; 1,464; 19,991; 16,695; 22,055; 2,578; 22,833; 12,735; 16,639.