Studi Permurnian dan Molecular Docking Senyawa Aktif Alpha-phelladrene Pada Tanaman Temulawak dengan Protease 7J0Y Spike SARS CoV-2 Menggunakan Aplikasi PyMol dan PyRx

Authors

  • Ilham Saputra Departemen Kimia, Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam, Universitas Negeri Padang
  • Nadia Sainita Department of Chemistry, Faculty of Mathematic anad Natural Sciences, Institut Agama Islam Negeri Sunan Kalijaga, Yogyakarta, Indonesia.

Abstract

Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui molecular docking senyawa aktif Alpha-phelladrene yang terkandung di dalam tanaman temulawak (Curcuma Xanthorrhiza) sebagai obat atau inhibitor dari protease SARS-CoV-2 dengan Varian 7J0Y. Metode yang digunakan adalah aplikasi EduPyMol Versi 1.7.4.5-Win32.msi dan PyRx Versi 0.8 (python.exe) 32 Bit.Dan perangkat komputer digunakan yaitu Acer Aspire 3 Processor Intel Celeron N4000 RAM 4 GB. Screening senyawa aktif menggunakan Pubchem dengan situs (www.pubchem.com). Hasil penelitian ini adalah senyawa aktif dengan SMILE CC1=CCC(C=C1)C(C)C. Penelitian ini menghasilkan pemurnian dan isolasi selektif pada spike protein. Hasil docking didapatkan nilai rata-rata Binding Affinity didapatkan yaitu -4,97 kkal/mol dengan RMSD Lower Bound yaitu 0,0; 1,242; 1,07; 9,784; 2,172; 14,411; 2,172; 1,487; 1,548 dan RSMD Upper Bound yaitu 0,0; 4,167; 4,41; 11,423; 4,089; 16,865; 4,47; 3,937; 4,143.

Downloads

Published

2022-06-14

Issue

Vol. 1 No. 02 (2022): Virtual Learning

Section

Articles